コメントをスレッド表示したくてプラグインを探したところ、MTThreadedCommentsを見つけた。
ソースカスタマイズ、データベーステーブルの変更を行うので、自身のある人だけにした方が良いです。

MTThreadedComments のインストール

1. MTThreadedComments.pl を MT plugins にダウンロードします。
   

   # wget http://akosut.com/software/download/MTThreadedComments.pl

2. ソースにパッチを当てるんですが、説明はバージョン2.6なので3.121-jaとは異なっています。3.121-ja の場合は下記の通りです。

   MTインストール先/lib/MT/Comment.pm

   *** Comment.pm Tue Jan 25 17:15:57 2005<br /> — Comment.pm.org Thu Jun 17 20:53:32 2004<br /> ***************<br /> *** 11,20 ****<br /> __PACKAGE__->install_properties({<br /> columns => [<br /> ‘id’, ‘blog_id’, ‘entry_id’, ‘author’, ‘commenter_id’,<br /> ! # MTThreadedComments Modify From<br /> ! # ‘visible’, ‘email’, ‘url’, ‘text’, ‘ip’,<br /> ! ‘visible’, ‘email’, ‘url’, ‘text’, ‘ip’, ‘subject’, ‘parent_id’,<br /> ! # MTThreadedComments Modify To<br /> ],<br /> indexes => {<br /> ip => 1,<br /> — 11,17 —-<br /> __PACKAGE__->install_properties({<br /> columns => [<br /> ‘id’, ‘blog_id’, ‘entry_id’, ‘author’, ‘commenter_id’,<br /> ! ‘visible’, ‘email’, ‘url’, ‘text’, ‘ip’,<br /> ],<br /> indexes => {<br /> ip => 1,<br /> ***************<br /> *** 24,32 ****<br /> email => 1,<br /> commenter_id => 1,<br /> visible => 1,<br /> – # MTThreadedComments Modify From<br /> – parent_id => 1,<br /> – # MTThreadedComments Modify To<br /> },<br /> audit => 1,<br /> datasource => ‘comment’,<br /> — 21,26 —-

   MTインストール先/lib/MT/App/Comments.pm

   <br /> *** Comments.pm Tue Jan 25 13:22:27 2005<br /> — Comments.pm.org Wed Oct 20 02:36:02 2004<br /> ***************<br /> *** 419,428 ****<br /> $comment->email(remove_html($email));<br /> $comment->url(MT::Util::is_valid_url($url, ‘stringent’));<br /> $comment->text($q->param(‘text’));<br /> – # MTThreadedComments Modify From<br /> – $comment->subject($q->param(‘subject’));<br /> – $comment->parent_id($q->param(‘parent_id’));<br /> – # MTThreadedComments Modify To<br /> return ($comment, $commenter);<br /> }<br /> — 419,424 —-<br /> ***************<br /> *** 465,473 ****<br /> (is_valid_email($comment->email)?<br /> (comment_email => $comment->email):()),<br /> comment_url => $comment->url,<br /> – # MTThreadedComments Modify From<br /> – comment_subject => $comment->subject,<br /> – # MTThreadedComments Modify To<br /> comment_text => $comment->text,<br /> unapproved => !$comment->visible(),<br /> );<br /> — 461,466 —-<br /> ***************<br /> *** 830,838 ****<br /> my $ctx = MT::Template::Context->new;<br /> $ctx->stash(‘entry’, $entry);<br /> – # MTThreadedComments Modify From<br /> – $ctx->stash(‘comment_parent_id’, $q->param(‘parent_id’));<br /> – # MTThreadedComments Modify To<br /> $ctx->stash(‘commenter’, $cmntr) if ($cmntr);<br /> $ctx->{current_timestamp} = $entry->created_on;<br /> my %cond = (<br /> — 823,828 —-<br />

3. データベースのテーブルを拡張します。
   

   mysql> use MT_DATABASE_NAME;
   Database changed
   mysql> alter table mt_comment add column comment_subject text;
   Query OK, 0 rows affected (0.39 sec)
   Records: 0 Duplicates: 0 Warnings: 0

   mysql> alter table mt_comment add column comment_parent_id integer;
   Query OK, 0 rows affected (0.24 sec)
   Records: 0 Duplicates: 0 Warnings: 0

   mysql> alter table mt_comment add index comment_parent_id(comment_parent_id);
   Query OK, 0 rows affected (0.24 sec)
   Records: 0 Duplicates: 0 Warnings: 0

以上でインストールは完了しました。

テンプレートの修正

プラグイン作者によると、コメントの入力フローを変更する必要があると言っています。

• 個別エントリーアーカイブにはコメント入力フォームは表示せず、入力フォームを開く為のリンクを表示する。
• コメント・リストのテンプレート（Comment Listing Template）をコメント入力フォームとして、コメントを入力する対象となったエントリー又はコメントを表示する。

だそうです。
では、修正します。
※ ここでは、コメント部のレイアウト変更を適用されていることを前提としています。

1. Nested Comments テンプレート追加
   [テンプレート・モジュール]-[新しいテンプレート・モジュールを作る]にてスレッド表示用のコメントテンプレートを追加します。名前は、Nested Comments とします。

   <br /> <MTIfCommentSubject></p> <h3 class="title"><$MTCommentSubject$></h3> <p></MTIfCommentSubject><br /> <$MTCommentBody$><br /> <span class="comments-post"><b>Posted by:</b><br /> <$MTCommentAuthorLink spam_protect="1"$> on <$MTCommentDate$><br /> <MTEntryIfCommentsOpen><br /> | <a href="<$MTCGIPath$><$MTCommentScript$>?entry_id=<$MTEntryID$>;parent_id=<$MTCommentID$>“>Reply to this</a><br /> </MTEntryIfCommentsOpen><br /> </span><br /> <MTCommentIfChildren></p> <div class="comments-nest-box"> <MTCommentChildren></p> <div class="comments-body"> <$MTInclude module="Nested Comments" $> </div> <p></MTCommentChildren> </div> <p></MTCommentIfChildren><br />

2. 個別エントリーアーカイブの修正
   <MTComments>タグ内を下記のように変更します。

   </p> <div class="comments-body"> <MTCommentUnlessParent><br /> <$MTInclude module="Nested Comments" $><br /> </MTCommentUnlessParent> </div> <p>

   コメント入力部(<MTEntryIfCommentsOpen>タグ内)を下記のように変更します。

   <a href="<$MTCGIPath$><$MTCommentScript$>?entry_id=<$MTEntryID$>“>新しいコメント</a>

3. コメント・リストのテンプレートの修正
   <MTComments>タグ内を下記のように変更します。

   <MTCommentPreviewUnlessParent></p> <div class="blogbody"> <h3 class="title"><$MTEntryTitle$></h3> <p><$MTEntryBody$><br /> <$MTEntryMore$></p> <div class="posted"> <p>Posted by <$MTEntryAuthor$><br /> at <$MTEntryDate$></p> </div> </div> <p></MTCommentPreviewUnlessParent><br /> <MTCommentPreviewIfParent><br /> <MTCommentPreviewParent></p> <div class="comments-body"> <h3 class="title"><$MTCommentSubject$></h3> <p><$MTCommentBody$><br /> <span class="comments-post">Posted by<br /> <$MTCommentAuthorLink spam_protect="1"$> at <$MTCommentDate$></span> </div> <p></MTCommentPreviewParent><br /> </MTCommentPreviewIfParent><br />

   <MTComments>タグに属性として lastn=”1″ を追加する。

4. Comment Fields List テンプレートの修正
   コメントを入力する為のTEXTAREAの直前に下記内容を追加する。

   <input type="hidden" name="parent_id" value="<$MTCommentPreviewParentID$>” /><br /> <label for="subject">Subject:</label><br /> <MTCommentPreviewUnlessParent><br /> <input id="subject" name="subject" value="Re: <$MTEntryTitle encode_html="1" $>” /><br /> </MTCommentPreviewUnlessParent><br /> <MTCommentPreviewIfParent><br /> <MTCommentPreviewParent><br /> <input id="subject" name="subject" value="<$MTCommentResponseSubject encode_html="1" $>” /><br /> </MTCommentPreviewParent><br /> </MTCommentPreviewIfParent></p> <p>

5. Comment Fields Previewテンプレートの修正
   コメントを入力する為のTEXTAREAの直前に下記内容を追加する。

   <input type="hidden" name="parent_id" value="<$MTCommentPreviewParentID$>” /><br /> <label for="subject">Subject:</label><br /> <input id="subject" name="subject" value="<$MTCommentPreviewSubject encode_html="1"$>” /></p> <p>

6. スタイルシートテンプレートの修正
   下記内容を追記します。

   <br /> .comments-nest-box {<br /> padding-left:15px;<br /> border-left:5px solid #AAA;<br /> }

以上で完了です。
ちゃんと表示されるかテストしてください。