Mac から Mac へメールボックスを手動で移行したので覚え書き。
ここでは、OS X 標準アプリケーションの Mail を使ってる場合のメールデータ移行方法です。
Mail 以外のアプリケーションを使ってる場合には当てはまりません。
対象としてるデータは各メールボックス内のメールだけで、アカウントの設定など Mail アプリケーションの設定は含みません。私の場合、Mail の設定は MobileMe 経由で同期されてるので気にする必要がなかったのですが、MobileMe を利用してないときは手動で移行することになると思います。
作業時は元データをバックアップしておきましょう。ミスしたときや何かあったときに復旧できるように。

移行元のメールデータをアーカイブする

移行元の Macで移行したいメールボックスを選択して右クリックメニューの「メールボックスをアーカイブ」を実行します。

出力先フォルダを選択するとメールボックス単位で出力されます。
出力先フォルダは分かりやすくディスクトップへ新しいフォルダを作成で「OldMail」などとします。
完了のメッセージが表示されないので、メール件数が多いときはしばらく待ちます。

移行先で読み込む

移行先の Mac へ出力されたフォルダ「OldMail」を、ネットワーク経由でもUSBメモリでも何でも良いので移動します。
Mail を起動してメニューの「ファイル」ー「メールボックスを読み込む」を実行します。
データの読み込み元は、「Mail for Mac OS X」を選択して続けます。

移動してきたフォルダ「OldMail」を選び、選択ボタンをクリックします。
読み込みが完了すると「この MAC 内」ー「読み込み」の配下へ追加されます。

このままだと分かり難いので、名前を変更するなり、受信配下のアドレスに合ったメールボックスへ移動するなりします。

注意点

これで今まで通りですが、サーバーにメールを残す設定で受信してた場合は、移行先 Mac で受信すると残ってるメールを受信してしまい、移行してきたメールと重複してしまいます。
これを削除するために、下記からスクリプトをもらってきて実行しときました。
http://akane.sqz.jp/blog/2009/07/osxmailapp.html